Флора и фауна. В заповеднике произрастает около 700 видов травянистых, кустарниковых и древесных растений; обитает 51 вид млекопитающих и 155 видов птиц, 27 видов рыб, 4 — земноводных, 6 — пресмыкающихся. В лесах заповедника ещё встречается дикая башкирская бортевая пчела.
Растительность. В Башкирском заповеднике насчитывается около 807 видов высших (сосудистых) растений, относящихся к 76 семействам. Наиболее богато представлены семейства сложноцветных – 77 видов, злаков – 58, розоцветных – 45, гвоздичных – 39, бобовых – 33, осок – 26, норичниковых и губоцветных по 24 вида, зонтичных – 21 вид (О.А.Мозговая, 1967, рук.). Среди высших растений более 100 видов лекарственных. Из них массовое распространение имеют: кровохлебка лекарственная, раковые шейки, наперстянка крупноцветковая, сон-трава, валериана лекарственная, буквица лекарственная, дягиль, душица, чемерица Лобеля, тысячелистник, аконит высокий, медуница, володушка золотистая, горицвет, синюха лазурная, мордовник, зверобой, хмель и другие. В настоящее время на территории заповедника (центральный участок) господствуют горно-лесные растительные ассоциации с преобладанием смешанных лиственно-хвойных лесов. Приуроченность растительного покрова к тем или иным элементам рельефа выявлена довольно отчетливо и укладывается в следующую схему, составленную И.М. Крашенинниковым и С.Е. Кучеровской (1941). Долины рек заняты луговой растительностью, чередующейся с участками уремы из ивняка, ольхи, черемушника. Пологие и покатые нижние части склонов хребтов заняты лиственными лесами с преобладанием березы и осины, с примесью сосны. Среди этих лесов много полян с луговым разнотравьем и мелким кустарником. Крутые, сильно щебнистые и каменистые склоны покрыты лесами с преобладанием сосны и примесью лиственных пород. Верхние части склонов и вершины хребтов и увалов характеризуются преобладанием лиственницы с кустами можжевельника. На высотах свыше 750 м над уровнем моря древесная растительность постепенно редеет и исчезает, сохраняясь лишь отдельными островками или одиночными деревьями на фоне горной типчаково-ковыльной степи. Еще выше, на высоте 800-900 м, остепненные пространства переходят в каменистые россыпи, покрытые лишайниками и мхами, зарослями заячьей капусты между камней и в трещинах скал. Коренными типами леса являются сосново-лиственничные. Березняки и осинники представляют собой производные сообщества, возникшие в результате пожаров и рубок. В широких поймах рек произрастает ольхово-черемуховая урема, а в узких поймах ручьев и в верховьях рек разреженные осоково-таволговые березняки. Преобладают сосновые насаждения, чистых лиственничников мало, последние приурочены к верхним частям склонов, где часто образуют границу леса (на высоте 550 – 600 м над уровнем моря), выше которой начинается лесостепь и степь. Леса заповедника способствуют стабильности водного режима и снижению летних расходов воды в реках. Благодаря лесам и их подстилкам вода очищается и в горных речках отличается высоким качеством. Степи занимают около 20% площади заповедника, встречаются на высоте 700 – 950 м и в пределах всего высотного профиля обнаруживают четкую связь с крутыми склонами южных экспозиций. Горные степи заповедника не являются коренными, а представляют собой производные сообщества, формирующиеся на месте сведенных лесов.
Обычно они формируются в комплексе с лиственничным редколесьем и в большинстве случаев обнаруживают следы относительно недавнего лесного прошлого (наличие типично лесных видов во всех ярусах, пней и стволов деревьев разной степени разложения). В заповеднике выделено 6 ассоциаций, 9 субассоциаций и 26 вариантов степных сообществ. Под пологом леса широко распространены перловник, ежа сборная, бор развесистый, герань лесная, фиалка собачья, первоцвет, седмичник и другие. Среди ягодников повсюду в заповеднике встречаются клубника, земляника, костяника; в хвойных лесах – черника, брусника. Часто можно встретить ягодные кустарники – малину, черную смородину, черемуху, вишню, причем первые три входят в состав уремы речных долин, тогда как последняя приурочена исключительно к южным крутым остепненным склонам. Запасы лекарственных растений на территории заповедника значительны. Без заметного ущерба можно заготавливать некоторые травы, например, чемерицу, кровохлебку, горицвет, раковые шейки и др. Поскольку такие виды, как чемерица, ядовиты для копытных животных, заготовка этого растения была бы полезна в двух отношениях: как сбор лекарственного сырья и как очистка травостоя от нежелательной примеси.
Животный мир. Богат и разнообразен мир животных Башкирского заповедника. В заповеднике встречается 250 видов позвоночных животных, в том числе 52 вида млекопитающих, 17 видов рыб, 3 – земноводных, 6- пресмыкающихся, 192 вида птиц. Среди насекомых много бабочек, жуков, перепончатокрылых, двукрылых, тлей и других. Особенный интерес и ценность имеют относящиеся к отряду перепончатокрылых дикие башкирские пчелы, обитающие в дуплах деревьев. Среди других полезных насекомых, обитающих в заповеднике, необходимо упомянуть муравьев. Их конусовидные жилища-муравейники встречаются в лесах на каждом шагу. К полезной энтомофауне относятся также хищные жужелицы, наездники, осы, шмели, шершни, жуки-падальщики и ряд других. К ценным охотничье-промысловым животным башкирских лесов из классов позвоночных относятся лось, косуля, акклиматизированный марал, лесная куница, выдра, американская норка, горностай, белка, заяц-беляк, бурундук и другие. Из хищников встречается волк, бурый медведь, рысь, лисица.
К редким млекопитающим заповедника относятся летяга, лесная соня, хомяк, светлый хорь, колонок, норка европейская. За последние десятилетия довольно редкими стали косуля и рысь. Среди пернатой дичи первое место по численности в заповеднике занимают тетеревиные птицы – южно-уральский глухарь, тетерев и рябчик. Запасы этих ценных охотничье-промысловых птиц в лесах Башкирского заповедника значительны. В лесах заповедника гнездятся вальдшнепы, встречается перепел, коростель, серый журавль, дикие голуби. На лесных речках гнездятся немногочисленные водоплавающие птицы - кряква, большой крохаль, чирок-свистунок. Из постоянно гнездящихся в заповеднике птиц чаще других встречаются воробьиные. Довольно много хищных птиц: канюк, пустельга обыкновенная, орел-могильник, ястребы – тетеревятник и перепелятник. Из ночных хищников обычны филин, острая и длиннохвостая неясыти, сплюшка, воробьиный сыч. К оседлым птицам наших лесов, кроме тетеревиных, принадлежат большая синица, гаичка, длиннохвостая и хохлатая синицы, сибирский поползень, пищуха, 6 видов дятлов: большой и малый пестрые, белоспинный, трехпалый, седоголовый и черный дятел – желна; сорока, сойка, ворон, домовый воробей. Фауна земноводных и пресмыкающихся представлена на территории заповедника следующими видами: обыкновенная жаба, травяная и остромордая лягушки, веретеница, прыткая и живородящая ящерицы, уж, медянка, гадюка. Из речных рыб встречаются хариус, налим, пескарь, голец, гольян, щука, елец, голавль, форель, таймень, бычок-подкаменщик и др. За 2006 год заметных изменений в состоянии флоры и растительного покрова в Башкирском государственном природном заповеднике (БГПЗ) не произошло.
